各保护区保护成效明显,但仍存在一些突出问题。个别保护区存在影响生态环境的突出问题,陕西汉中朱鹮保护区发现新增涉及采石采砂、工矿生产等重点问题16个;个别保护区主要保护物种种群数量明显下降,如甘肃秦州珍稀水生野生动物保护区主要保护对象之一的秦岭细鳞鲑,种群数量较2012年明显减少;有的保护区对大熊猫以外的主要保护对象重视不够,如对羚牛、金丝猴等主要保护对象的种群数量和栖息地分布底数不清;大部分保护区生态环境监测体系不完善,基础数据匮乏,不利于保护区精细化管理;保护区管理弱化、体制不顺等问题依然存在,如河南伏牛山保护区涉及洛阳、南阳、平顶山等3市6县,日常管理由各县的管理局分头开展,并且多个管理局还存在“一个机构多块牌子”现象,缺乏有效的统一管理机构。